Mark Harmon guadagna $ 525.000 più una percentuale di profitto per il suo ruolo da protagonista in NCIS. Pauley Perrette e Michael Weatherly guadagnano $ 175.000 per episodio per i loro ruoli nello show.
Il contratto di Mark Harmon è stato aggiornato allo stato attuale quando NCIS è stato rinnovato per un'undicesima stagione nel 2013. Lo stipendio di Harmon lo ha reso l'attore drammatico più pagato in televisione al momento della sua firma dietro Ashton Kutcher e Jon Cryer per i loro ruoli in Due uomini e mezzo. Harmon è diventato l'attore televisivo più pagato nel 2015, quando Due uomini e mezzo ha concluso la sua serie di 12 stagioni. Oltre al suo stipendio da attore, Harmon riceve pagamenti residui come produttore esecutivo di NCIS.